Uma solução simples para esse problema pode ser encontrada nos fóruns: link
Em gnome-tweaks (configurações avançadas, você deve instalá-lo, ele não está lá por padrão), em Desktop, escolha "fazer com que o gerenciador de arquivos manipule a área de trabalho" para "off". Isso aparentemente faz com que o bug invisível do Windows desapareça. O preço (pelo menos, o primeiro que vem à minha mente) é que você não tem mais ícones na área de trabalho. Mas você pode usar o nautilus, não há necessidade de instalar um gerenciador de arquivos alternativo. E não precisa passar pela rotina "killall nautilus" toda vez que fizer login.