O problema é que você está no Linux.
O modo padrão seria abrir o documento no Acrobat (ou um Reader mais recente (XI ou mais recente)), exportar os comentários e reimportá-los no novo documento.
No entanto, as posições das anotações serão as mesmas e, dependendo do tipo de anotações, você terá algumas alterações nas anotações. Isso lhe dará uma ótima oportunidade para ler o documento completamente.
Observe que o último parágrafo será válido para qualquer solução que você seguir, porque as anotações NÃO estão vinculadas ao texto subjacente; todos eles são especificados através da posição deles na página.