Depois de encontrar vários lista de discussão padrões sem resposta a essa pergunta, finalmente consegui que funcionasse.
Primeiro: use caminhos absolutos para o homedir. Por exemplo. em vez de --homedir=.
use --homedir="$(pwd)"
Se isso não for o caso, inicie manualmente o gpg-agent passando o mesmo homedir (elimine todos os agentes existentes primeiro)
gpg-agent --homedir="$(pwd)" --daemon