A chave Fn provavelmente é manipulada pelo próprio teclado e, portanto, não pode ser remapeada.
While it is most common for the Fn key processing to happen directly in the keyboard micro-controller, offering no knowledge to the main computer of whether the Fn key was pressed, some manufacturers, like Lenovo, perform this mapping in BIOS running on the main CPU, allowing remapping the Fn key by modifying the BIOS interrupt handler.
O AutoHotkey, como você sugeriu, funcionaria como uma solução alternativa. Você precisaria criar manualmente uma regra para cada chave (que possui um valor Fn + chave ). Tenha em mente que muitos aplicativos Windows usam atalhos de teclado Alt + Tecla de função (por exemplo Alt + F4 para sair um programa).