Use
ffmpeg -f lavfi -i color=RRGGBB -i in.gif
-filter_complex "[0][1]scale2ref[bg][gif];[bg]setsar=1[bg];[bg][gif]overlay=shortest=1"
out.mp4
Uma tela é criada, que é preta, se a cor (em hexa) não for especificada. No complexo de filtros. Ele é redimensionado para o mesmo tamanho do GIF e, em seguida, o GIF é sobreposto nele. Dentro das áreas transparentes do GIF. o fundo mostra através.