O problema que você tem é que, desde versões recentes do gnome (3.14 talvez), na inicialização (e reinício da suspensão também) o gnome configura o DPI para 96, qualquer que seja o DPI real (que o X sempre imaginou corretamente).
Essa infeliz decisão de design com o gnome, que não parece ser justificada pelo suporte do HiDPI (porque o HiDPI funciona igualmente bem sem essa configuração de DPI forçada), nos obriga a resolver manualmente o DPI cada vez reinicie ou reinicie).
Digamos que seu verdadeiro DPI seja 185 (como você pode determinar no log do Xorg), se você abrir uma janela de terminal e fizer isso:
# xrandr --dpi 185
Em seguida, 100% no evince e outros programas serão do tamanho real (ou uma aproximação muito boa).