Normalmente eu só vou com o NTFS. É muito melhor que o FAT32 e é relativamente fácil instalar compatibilidade com NTFS no Mac e no Linux (comparado à instalação de sistemas de arquivos no Windows).
Para Mac, você precisa do NTFS-3g gratuito ou da versão comercial do mesmo , NTFS do Tuxera . Estes são necessários apenas se você quiser gravar no disco. OSX pode ler NTFS.
Para o Linux, também é o NTFS-3g. Para instalá-lo no Ubuntu: sudo apt-get install ntfs-3g
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