"Is any ATX PSU compatible with a 2U server chassis?"
Sim, mas quase não, e depende completamente do chassi em questão; mesmo assim, a maioria exigirá que o chassi seja hackeado para que uma PSU de mesa se encaixe.
A julgar pelas imagens do chassi que você deseja usar, um ATX de mesa não caberá nele (observe quanto tempo o PUS do exemplo é em comparação com sua largura).
Basicamente, você precisará testar e estar preparado para começar a hackear o metal.
Além disso, muitas placas-mãe de nível de servidor não funcionam com uma PSU de mesa devido à falta de necessidades adicionais de energia e, às vezes, necessidades de fiação diferentes. Confirme que sua placa pode ser executada com uma PSU ATX de desktop padrão primeiro.
Por último, os chassis 2U são TIGHT para espaço, se você ultrapassar os tamanhos esperados no mínimo, as coisas não caberão sob a tampa. Isso muitas vezes leva a exigir o uso de partes específicas / fatores de forma, para que tudo se encaixe.
"Do I have to care about the side of the PSU where the fan is (see the photo above) being blocked by the top panel of the server chassis?"
Já que esse ventilador é a principal entrada (de ar fresco) para resfriar a PSU, então sim, você precisa se preocupar em bloqueá-lo.
Observe que a maioria / todos os PSU do chassi do rack implementam fluxo de ar de frente para trás, uma vez que eles devem ser empilhados em um rack com outro chassi, sem espaço de ar acima ou abaixo.