Para qualquer um curioso eu resolvi isso. Primeiro eu determinei que o conjunto de caracteres na unidade VFAT antiga era ISO-8859-1
(muito comum para o Windows). Em seguida, executei um comando rsync
com a opção de converter o conjunto de caracteres antigo em UTF-8
e isso funcionou.
Exemplo:
rsync -vaW --size-only --iconv=ISO-8859-1,utf-8 /media/Music/* '/media/username/Seagate Backup Plus Drive/Backup - Music/Music' > ~/rsynclog.txt
Espero que ajude alguém!