Quando a letra da unidade da partição do sistema for alterada após o processo de clonagem, todos os aplicativos que dependem de caminhos codificados para DLLs e outros arquivos serão naturalmente violados. Existem APIs como GetWindowsDirectory (), SHGetKnownFolderPath (), SHGetSpecialFolderPath (), Environment.GetFolderPath (), etc. que os programadores devem usar, mas que às vezes não usam.
Além disso, os aplicativos que, por motivos de prevenção de licenciamento / pirataria armazenam o GUID do volume em que estão instalados, também podem quebrar. Não há conserto fácil nesses casos, exceto para registrar novamente o aplicativo, se possível.