Experimente a opção "exportar para html". A partir do seu 'root note', clique no ícone 'gears' e selecione 'export to html. Na parte inferior da caixa de diálogo que abre perguntando onde salvar o arquivo, você tem duas opções para marcar: 'exportar notas vinculadas' e 'incluir todas as outras notas vinculadas'. O primeiro é presumivelmente o que você quer. Também marque a segunda opção se você quiser que o Tomboy siga todos os links nas notas ligadas (e não apenas aquelas na sua 'nota raiz'). Em seguida, imprima a partir da página que se abre no seu navegador da web.
Você pode ter que habilitar o add-in 'export html' das preferências do Tomboy.