Abra um prompt de comando elevado e execute:
consulta suja do fsutil X:
Onde X: é a letra da unidade flash.
Se estiver "sujo", você tem apenas 2 opções - ou você executa o chkdsk ou salva seus arquivos e reformata o flash drive.
Outra opção (teórica) é limpar o bit sujo com um editor hexadecimal. Mas isso é bastante complicado e eu ainda não vi uma solução para exFat - apenas para NTFS, Fat32 e Fat16.