Isso soa como um problema do UAC. Veja se você pode acessar a (s) pasta (s) com uma linha de comando elevada (como o PowerShell), em vez do Windows Explorer. A questão é que o Windows Explorer não se comporta "adequadamente" com o UAC , então problemas como esse geralmente resultam.
O artigo vinculado tem algumas soluções alternativas, embora, pessoalmente, prefiro apenas usar um programa diferente para navegação de arquivos ... Eu nunca fui um grande fã do Windows Explorer para começar.