Eu tenho o mesmo problema com minha estação de trabalho DELL de ponta. Aparentemente, os drivers para as portas USB3 não estão contidos no BIOS e devem ser carregados com o sistema operacional. Na verdade, se eu tiver que iniciar o sistema de recuperação no Windows, eu preciso carregar os drivers USB3 se precisar acessar qualquer coisa nas portas USB3.
Então, acho que você está sem sorte aqui em conseguir que suas portas USB3 funcionem antes do suporte ao sistema operacional.