Estou assumindo que o Windows é capaz de usar o arquivo de paginação (ele não está desabilitado e ainda há espaço no arquivo de paginação) e congelando significa que demora quase uma eternidade para mostrar a reação como minutos.
Se o Windows estiver sob pressão de memória (RAM insuficiente), ele iniciará a troca de dados da RAM para o disco rígido / arquivo de paginação. O algoritmo exato com o qual os dados são trocados é muito complexo, mas em geral é a memória menos usada recentemente que não está bloqueada pela troca (algumas páginas de kernel e drivers de disco rígido e assim por diante são bloqueados). Pode até trocar partes do explorer.exe e alguns outros processos importantes da GUI ou firewall / antivírus. Quando você tenta interagir com o GUI, ele tem que carregá-lo de volta do disco rígido, que é muito lento em comparação com a RAM e eu tenho visto casos, onde leva mais de 15 minutos para pelo menos parcialmente descongelar o desktop.
Se você quiser investigar mais, recomendo usar o monitor de desempenho. No Windows 8, você pode acessá-lo com o monitor de gerenciamento de desempenho, mas ele também é utilizável em sistemas Windows mais antigos. No Windows 8 você pode até ver qual processo e qual arquivo é o culpado.