TL, DR : você não precisa se preocupar com nenhum desses pontos.
A criptografia está em uma camada abaixo dos arquivos, portanto, do ponto de vista de seus jogos, nada mudou. É quase como clonar o seu Samsung HDD para um da Hitachi, com exatamente o mesmo tamanho, e colocá-lo de volta.
Seus jogos ainda serão executados com quase o mesmo desempenho. Você incorrerá em um incremento muito pequeno nos tempos de carregamento, porque o back-end terá que descriptografar os dados antes que o jogo os leia, mas a penalidade será quase insignificante. A menos que você tenha um programa para medir os tempos algumas vezes, você não perceberá isso.
O mesmo se aplica aos seus arquivos do Dropbox: eles não mudam. Somente a representação de baixo nível do arquivo será alterada, mas, para seus aplicativos, eles ainda são os mesmos.
Portanto, criptografe seu disco. Seus arquivos estarão lá, intocados, mas lembre-se da senha. Se você esquecer a senha, seus dados serão perdidos.