Você pode usar o VBA ...
1) Remova todos os hiperlinks (deixando o texto).
Sub RemoveHyperlinks()
With ThisDocument
While .Hyperlinks.Count > 0
.Hyperlinks(1).Delete
Wend
End With
End Sub
2) Faça sua pesquisa e substitua ...
3) Recrie todos os hiperlinks (se o usuário tiver a opção de hiperlink automático no Word ativada):
Sub ReformatDocument()
Selection.WholeStory
Selection.Document.Kind = wdDocumentNotSpecified
Selection.Range.AutoFormat
End Sub
Além disso, se você quiser ativar ou desativar a opção de autocorreção real para hiperlinks automáticos, use "Application.Options.AutoFormatAsYouTypeReplaceHyperlinks":
, ou seja: Application.Options.AutoFormatAsYouTypeReplaceHyperlinks = False