Isso "funciona para mim" - na verdade, o único que vejo nele não funciona é se você usa edit->paste no GIMP - ele cria uma "seleção flutuante" - que é uma camada temporária que existe principalmente para permitir o posicionamento de o conteúdo colado - e eles "ancoram" a camada flutuante em uma camada de fundo opaca. A transparência estava lá, como esperado, mas a "ancoragem" é o ato de corrigir os pixels colados no plano de fundo. Note que ao clicar na imagem, fora da seleção, os dados colados serão ancorados dessa maneira.
As opções que você tem são, depois de edit->paste , clicar no botão New Layer (primeiro botão na caixa de diálogo camadas - ou através da ação de menu Layer->New Layer ( Shift + Ctrl + N ): isso promoverá o conteúdo colado para uma camada completa que retém sua transparência, ou você pode simplesmente colar com Edit->Paste As->New Layer para começar: nenhuma seleção flutuante é criada.