Mover os arquivos do diretório "Arquivos de Programas" definitivamente não funcionará. A maioria dos programas, como o Office e o VS, também possui arquivos de registro associados, que serão completamente inúteis se você mover arquivos.
Como você disse, sua unidade tem apenas 40 GB, presumo que você não tenha instalado muitos programas no seu sistema operacional. Se você tiver tempo, poderá desinstalar a maioria dos programas e reinstalá-los em sua unidade E: \. Mesmo se você fizer isso, as instalações subseqüentes do programa devem ser feitas na unidade E: ou você ainda pode ficar sem espaço HD.