Existem algumas maneiras de lidar com isso.
Você pode fazer exatamente o que está falando corrigindo as atualizações para a instalação do Windows 7 . A maneira certa e adequada de fazer isso é usar ferramentas fornecidas pela Microsoft, como o WAIK, e criar uma imagem. Acho que esses dois métodos são pesados para uma pequena empresa.
Faça uma atualização offline do WSUS . Você pode baixar todas as atualizações antes e aplicá-las após a instalação de uma só vez. Isso deve ser substancialmente mais rápido do que o download, a reinicialização, o download e o ciclo de reinicialização que seus usuários estão experimentando no momento.