Se as aulas forem as mesmas, minha primeira suposição seria fragmentação . Os cartões SD são normalmente formatados com o sistema de arquivos FAT, que sofre de fragmentação se o cartão for usado intensivamente durante um período de tempo.
Se isso for verdade e a fragmentação for o problema, você precisará desfragmentar a placa. No entanto, não use qualquer software de desfragmentação. Este software foi projetado para desfragmentar discos rígidos e está contando com algoritmos baseados em loop, que usarão sua placa significativamente executando várias operações de gravação. O que eu recomendaria é copiar todos os dados para o armazenamento de backup (HDD, por exemplo), depois formatar os dois cartões e copiar os dados de volta - isso deve resolver os problemas de fragmentação (se houver).
Aqui está um artigo muito bom onde o autor descreve seus experimentos e prova que a fragmentação pode diminuir o desempenho do cartão SD a 50 vezes