Eu observei o mesmo problema, mas só é perceptível ao jogar um jogo graficamente intensivo ou assistir a um vídeo do youtube no meu navegador. Nesses casos, o jogo / vídeo congela no lugar por cerca de meio segundo após a alteração do foco e, em seguida, recomeça normalmente. Com foco desleixado, se eu mover o mouse rapidamente entre duas janelas, posso manter o vídeo congelado no mesmo quadro quase indefinidamente.
Desativar o Plug-in do Ubuntu Unity remove completamente o atraso, mas é claro que isso não é uma solução real, pois deixa você com uma GUI semi- funcional.
Até agora, a única solução da qual estou ciente é a mudança para um ambiente de área de trabalho não-Unity. Eu sou parcial ao openbox, embora haja muitas opções aqui.