Você precisa descobrir a duração total do vídeo (com parsing ffmpeg
output ou usando outras bibliotecas como MediaInfo, etc.), d e subtrair a hora manualmente desse .
Digamos que seu vídeo tenha 40 segundos de duração e que você queira cortar 7 segundos. Você precisa codificar apenas 33 segundos, portanto:
ffmpeg -i input.avi -t 33 -c copy output.avi