Você estava tão perto, apenas mova a citação um pouco: -)
FOR /d %A IN ("C:\Main Folder\*") DO mkdir "%A\Family Members"
O %A
deve ser citado porque contém um espaço. Quando seu loop executa mkdir %A\"Family Members"
e% A contém C:\Main Folder\Bob James
, o comando se torna mkdir C:\Main Folder\Bob James\"Family Members"
. Isso tenta criar 3 pastas, porque o bit principal não é citado:
C:\Main
Folder\Bob
James\"Family Members"