Adicione Profiles=profile-zero; à seção [Desktop Entry] e anexe o seguinte ao final do arquivo:
[X-Action-Profile profile-zero]
MimeTypes=inode/directory
Exec=/path/to/mkthumb.sh -s %f
Substitua /path/to pelo caminho do script e
remova as linhas MimeTypes e Exec da seção [Desktop Entry]
(crédito para @whtyger por postar um link que levou a instruções, estou fazendo uma resposta completa, então está mais claro)