Eu encontrei uma solução alternativa, se você tem direitos de administrador (e Windows suficientemente moderno, eu acho que Vista e acima) você pode usar mklink
para criar um link físico (se você não está familiarizado com o sistema UNIX, é basicamente um atalho de nível muito baixo) da seguinte forma:
C:\app1\app.exe <- Current app associated with filetype
C:\app2\app.exe <- Windows can't use this exe
No comando windows promt, execute:
mklink /H C:\app2\hard_link_to_app.exe C:\app2\app.exe
Em seguida, o arquivo C:\app2\hard_link_to_app.exe
aparece e pode ser usado no lugar de C:\app2\app.exe
para fins de associações de arquivos.
Eu não sei se isso pode causar problemas em algumas situações, até agora funcionou bem para mim.
I wonder if one can set a shortcut to C:\dir_new\myapp.exe, with a different name, and request opening with the shortcut.
A sugestão acima dos comentários não funciona com atalhos comuns do Windows.