Você está certo, rodar o computador com o lado do chassi aberto é pior do que tê-lo fechado (supondo que o chassi fechado tenha fluxo de ar adequado).
O fluxo de ar é importante, e se você simplesmente abrir o lado do case, o ar deixará de fluir da frente para trás (a direção usual de qualquer maneira) e, em vez disso, muito ar quente ficará suspenso sobre os componentes devido à falta de ar. ar realmente em movimento.
Preocupe-se menos com a CPU ou qualquer coisa com uma ventoinha, e mais sobre o material que é resfriado passivamente, já que o resfriamento passivo depende do ar se movendo através da caixa, puxando o ar quente para fora.
Talvez pense assim: Coloque um ventilador de computador no final de um tubo de 3 pés de comprimento e coloque sua mão perto do outro lado. Você pode sentir o ar se movendo muito bem, eu aposto.
Agora pegue o mesmo ventilador e sente-o na mesa de um quarto. Se você ficar a menos de um metro de distância dela, deve notar que há muito menos ou nenhuma pressão de ar contra sua mão.
Você pode dar uma olhada nas respostas / links desta pergunta do SU: Posicionamento e Direção Ótimos de Ventilador para Arrefecimento a Ar de um Computador