A principal solução que encontrei até agora é usar o Launchy como minha principal ferramenta, e o Tracker como uma segunda etapa, quando necessário.
Lançamento:
Bom porque é iniciado rapidamente com CTRL + ALT + Space, mostra resultados rapidamente e indexa os caminhos e nomes de arquivos de muitos arquivos (o Gnome DO é limitado a 5000).
Ruim, porque 1) indexa apenas nomes de arquivos e caminhos, não o conteúdo dos arquivos, 2) requer reinicializações frequentes do sistema devido a todos os tipos de erros aparentes, não importando qual versão eu instale
Pesquisa na área de trabalho (agulha do rastreador):
Bom porque indexa o conteúdo do arquivo para muitos tipos de arquivos. Parece muito mais confiável do que as alternativas que tentei (Recoll, DocFetcher, etc.).
Ruim, porque é um programa separado e, portanto, leva alguns passos extras para obter. Em geral, não estou tão feliz com a interface.
Outras questões:
Nenhum desses programas é integrado ao Nemo (ou ao Nautilus em outros sistemas gnome). A função de busca do Nemo não inclui o conteúdo do arquivo e é extremamente lenta (aparentemente porque não está indexada, embora resultados de pesquisa específicos possam ser salvos).
Eu também tentei várias ferramentas de linha de comando (principalmente find, grep e pdfgrep), mas mesmo que eu dedique um tempo para aprender como elas funcionam, elas não são realmente projetadas para fazer algo parecido com o que estou procurando. Eu imagino que deve haver alguma maneira de criar índices para eles, mas eles são absurdamente lentos para o tipo de buscas amplas que estou tentando fazer.