Quando você tentou instalar o Fedora, ele criou várias partições na sua unidade flash. A partição de 512Kb que você está vendo é provavelmente a partição de inicialização. Os outros dados não são perdidos, mas o Windows tem dificuldade em vê-lo porque não é um dos formatos que o Windows reconhece (ext3, ext4).
Clicar com o botão direito no pen drive e selecionar "Formatar" só formatará a primeira partição. Para obter o restante dos dados, você precisará abrir o "Gerenciamento do Computador" e selecionar "Gerenciamento de Disco". A partir daí, você poderá formatar todas as partições e recuperar seu espaço "perdido".
Abaixo está um ótimo tutorial passo-a-passo para mostrar como formatar uma unidade com várias partições.