Se você planeja instalar o Linux em uma partição dentro do disco rígido em que o Windows está instalado, suponho que não há como "ocultá-lo" completamente.
O Windows verá uma partição "não usada", mas não a entenderá (a menos que você encontre um driver para acessar sistemas de arquivos ext4 do Windows (lembro de ter visto um, mas ele só tem suporte a leitura)). / p>
Quanto à criptografia LVM, a maioria dos instaladores tem a opção de criptografar o sistema de arquivos. Basta verificar o guia de instalação (consulte Debian Installer ).