Como você editou no seu post, parece-me um problema de software. O FTP sempre será mais rápido porque o objetivo do FTP é ser rápido. É um protocolo para transferência de arquivos. Meu palpite é que a sua conexão via LAN e, portanto, usando o protocolo Windows SMB, que é mais para o compartilhamento de arquivos. Além disso, o Windows criptografará as transmissões SMB, o que aumentará significativamente a velocidade de transferência. Eu recomendo apenas ficar com uma transmissão FTP. Se minha teoria estiver correta, você verá um problema similar no win7