Para fazer isso manualmente, você deseja criar um arquivo chamado .Xmodmap no seu diretório pessoal. Você poderia fazer isso usando um comando do terminal
~$ gedit ~/.Xmodmap
Isso criará o arquivo e o abrirá no gedit. Adicione as seguintes linhas ao arquivo:
clear control
clear mod1
keycode 37 = Alt_L Meta_L
keycode 64 = Control_L
add control = Control_L Control_R
add mod1 = Alt_L Meta_L
Salve o arquivo e saia do gedit. Na próxima vez que você fizer login, os novos mapeamentos de teclas estarão ativos. Para que as configurações tenham efeito imediato, execute o seguinte comando:
~$ xmodmap ~/.Xmodmap
Há uma chance de os códigos de teclas acima serem diferentes no seu computador. Se o acima não funcionar, tente executar o programa xev na linha de comando. O Xev irá gerar uma nova janela pequena no canto da sua tela. Se você começar a pressionar as teclas do seu teclado, receberá todas as informações de mapeamento de teclas para essa tecla pressionada.
~$ xev
Por exemplo, se eu pressionar "q" quando o xev está em execução, recebo a seguinte saída:
KeyRelease event, serial 33, synthetic NO, window 0x4c00001,
root 0xb6, subw 0x0, time 9127480, (21,-17), root:(22,36),
state 0x0, keycode 24 (keysym 0x71, q), same_screen YES,
XLookupString gives 1 bytes: (71) "q"
XFilterEvent returns: False
keycode 24 é a informação que procuramos. Pressione os botões Ctrl esquerdo e Alt esquerdo enquanto estiver executando o xev para obter seus próprios códigos de teclas para confirmar que eles são os mesmos usados acima.
Espero que ajude.