Estas configurações parecem ser armazenadas no arquivo:
~/.zotero/zotero/_your_profile_name_here_/zotero/locate/engines.json
Consegui restaurar a entrada escolhendo uma cópia deste arquivo, por exemplo, do GitHub:
wget -O ~/.zotero/zotero/_your_profile_name_here_/zotero/locate/engines.json https://raw.github.com/robinpaulson/impero/master/engines.json
Nota: Eu suponho um * nix-systems, mas acho que deve funcionar de forma semelhante em sistemas Windows.