Você só pode compactar imagens VDI usando a linha de comando do VirtualBox até onde eu sei . Você pode usar ferramentas de terceiros para compactar um VHD - o Google é seu amigo.
Se o seu host for o Windows 7 ou o Windows Server 2008 R2, você poderá usar compact vdisk
de acordo com a página em technet.microsoft.com/en-us/library/gg252556.aspx .
No mundo do VirtualBox, aqui está como ...
VBoxManage modifyhd path\to\disk.VDI --compact
... se você criou um disco em um formato diferente - por exemplo, VHD, execute o seguinte comando primeiro ...
VBoxManage clonehd "path\to\vhdformat.vhd" "path\to\vdiformat.vdi" --format vdi
Veja este exemplo ... , bem como este exemplo abrangente por Matt Wrock sobre como otimizar uma VM VirtualBox, pronta para empacotamento.