Bem, isso acabou sendo um erro idiota da minha parte. As versões do Unison não correspondiam entre o servidor e os clientes. A simples atualização da versão do Unison do servidor corrigiu o problema.
Uma alternativa de caixa de depósito privada é tão simples quanto compilar a mesma versão mais recente do svn em cada computador que você deseja sincronizar e, em seguida, executar o uníssono com o comando -repeat watch!