Eu estava em uma situação semelhante depois de clonar um disco rígido para um SSD. A parte chata é que quando eu tinha dois discos no sistema, ele ainda inicializava no disco antigo - independente da seqüência de inicialização, mas apenas se eu tivesse o disco de reparo do Windows na unidade de CD (ou talvez qualquer CD, não certeza).
A cura que funcionou para mim foi usar um disco de reparo do Windows com a unidade original mais antiga fisicamente desconectada do sistema. Basta iniciar o Windows Repair, escolher o sistema OP e usar o "Repair Startup" para escrever um novo BCD automaticamente. Funcionou muito bem quando tive coragem de experimentar. (Eu tinha tentado várias vezes com o disco org ainda na unidade, mas estava causando letras erradas ou escrevendo para o lugar errado, porque nunca funcionaria.)
Eu pude então colocar o disco original de volta no sistema e ele inicializa bem agora. Eu acredito que existem fisicamente duas cópias do BCD agora e se algum dos meus discos for removido, eu acho que vai começar. Tipo de puro. Alguns podem argumentar dizendo que não é possível, mas os fatos estão se inclinando para o outro lado.