Em princípio sim. Você deve poder usar qualquer partição em qualquer disco durante o processo de instalação.
O instalador Debian do Linux Mint, que é baseado no Instalador Debian, não tem essa opção por algum motivo (veja a discussão aqui ). Talvez esse problema também esteja presente no instalador do Debian (eu nunca o usei), mas duvido muito. Todos os outros instaladores que eu já usei permitem que você distribua um sistema pelo maior número de discos que você desejar.
Na pior das hipóteses, se você tiver acesso a apenas uma unidade física durante o processo de instalação, basta definir seu / home lá e movê-lo para a outra partição após o término do processo de instalação.
Uma vez que você logar em seu novo sistema Debian, monte o segundo disco em algum lugar e copie seu diretório $ HOME para este local. Você então apaga seu diretório $ HOME atual e edita o arquivo / etc / fstab para configurar o outro disco para ser montado em / home (me avise se precisar de ajuda com isso). Em seguida, faça o logout e faça o login novamente e tudo deve estar configurado corretamente.