Você pode usar a auditoria integrada do MS Windows para monitorar as alterações através dos logs de eventos de segurança.
Habilite o "Acesso a objetos de auditoria" por meio do grupo ou da política de segurança local. Configurações de Segurança / Política Local / Política de Auditoria / Acesso a Objetos de Auditoria (Sucesso, Falha).
Abra o Registro e ajuste as permissões no HKCU (ou na subchave específica). Permissões / Avançado / Auditoria. Adicione o usuário Todos e selecione os tipos de acesso que você deseja monitorar.
Todos os registros adicionar, remover, editar, etc serão registrados no log de eventos de segurança. Filtrar conforme necessário.