Acho que a mesma resposta que lhe dei aqui também pode ser aplicado a essa pergunta.
Depende de quais programas gráficos você tem, mas o Photoshop Elements é bastante barato e você pode processar em lote.
O problema é que realmente depende de quão complexas são suas imagens .png - por exemplo, se as imagens são apenas em preto e branco, essa deve ser uma tarefa fácil com resultados precisos - no entanto, se a imagem for uma imagem com vários matizes e tons de cores, essa tarefa se torna mais complicada e o processamento em lote pode não ser possível. Por exemplo, você deseja substituir verde por vermelho. Bem, que tom de verde? Alguns verdes têm amarelo e onde alguns podem descrever uma cor como "verde amarelado" outros podem descrevê-lo como um "amarelo esverdeado" ... Isso obviamente torna mais difícil definir a cor direta ao longo de uma gama de cores. Portanto, pode até requerer parte do lote e parte do manual.
Isto é claro, supondo que você saiba como usar esses tipos de programas.