Algumas dessas funcionalidades estão embutidas no VirtualBox, embora eu não possa dizer que é robusto. (Na verdade, quando iniciei meu VirtualBox, ele me disse que um dos meus VHDs instantâneos estava indisponível por algum motivo ...) A VDI é sua imagem de disco virtual e basicamente é o disco rígido. À medida que os instantâneos são obtidos, eles são adicionados a uma pasta de instantâneos como VHDs. Isso funciona razoavelmente bem para fins de teste, mas alguns instantâneos pararam de funcionar por qualquer motivo.
Parece que você está muito mais configurado do que precisa com um externo de 1 TB. Você deve ser capaz de inicializar uma máquina apenas com o VDI, mas o arquivo vbox é pequeno, assim você também pode fazer o backup. Contanto que você tenha o VDI, não consigo pensar em nenhum motivo pelo qual não seja possível iniciar o backup da máquina no VirtualBox. Se você começar com um VHD, poderá até mesmo inicializar a máquina em outra VM com alguns ajustes.
Pode ser melhor configurar sua configuração limpa, fazer backup de tudo e fazer o mesmo para sua configuração completa. Com uma unidade de 1 TB, você definitivamente tem espaço.