Se você quiser fazer isso via linha de comando, use FFmpeg (gratuito, de código aberto, multiplataforma).
Primeiro, extraia a trilha sonora do arquivo de vídeo correto. Eu assumo que o áudio é MP3 *.
ffmpeg -i correct.avi correct.mp3
Em seguida, mescle o fluxo de bits do vídeo do arquivo quebrado com a nova trilha sonora:
ffmpeg -i broken.avi -i correct.mp3 -map 0:0 -map 1:0 -c:v copy -c:a copy out.avi
Isso não será recodificado nos fluxos de bits de vídeo e áudio.
* Você pode verificar isso fazendo uma simples chamada ffmpeg -i correct.avi
e procurando pelo fluxo de áudio. Ou, você pode usar MediaInfo . Note que a extensão (aqui, .mp3)
deve realmente coincidir com o áudio. Se o seu arquivo AVI não tiver áudio MP3, mas algo diferente, você deve alterar o contêiner de acordo.