Você respondeu sua própria pergunta. A compilação Lime inclui suporte a hardware extra e remove o requisito para o PAE. O site que você vinculou exibe uma lista de hardware que adiciona suporte, portanto, se você tiver um desses, deverá obter o Lime, caso contrário, o Baunilha deverá ser suficiente.
OPAE permite que os processadores de 32 bits acessem mais de 4 GB de RAM. Vanilla exige que a PAE funcione, limitando-a a dispositivos que suportam isso, mas o Lime não a força, para que você possa usá-la em mais dispositivos.
O Lime é melhor para sistemas mais novos que possuem hardware que o Vanilla ainda não suporta (ou até mesmo conhece). Além disso, o Lime é atualizado com mais frequência, porque se você tiver hardware que ele não suporta, você pode entrar em contato com o Hexxeh para que ele adicione suporte.
Se o seu processador não suporta PAE, então você deve usar o Lime, já que o Vanilla não funcionará nele. Se o seu sistema tiver o PAE, mas o hardware for um pouco antigo, então o Vanilla provavelmente funcionará.
Essencialmente, o Lime é de ponta (ou seja, beta), enquanto o Vanilla é a versão estável. Francamente, você pode usar o Lime em geral, a menos que você não queira / não use o software beta e queira / precise usar uma compilação estável.