É usado apenas pelo Windows. O efeito de remover a letra da unidade é percebido apenas na instalação do Windows em que você fez essa configuração. A partição para a qual a letra da unidade foi removida está bem. Eu faço isso o tempo todo e não tenho problemas.
As entradas de inicialização do seu sistema operacional não dependem das letras de unidade atribuídas em um sistema operacional ou em outro. Ele usa os nomes de volume de cada partição, informações que estão disponíveis na inicialização, independentemente da configuração que você faz em cada sistema operacional.