Não tem certeza dos seus objetivos, mas parece uma questão de balanceamento de carga. Esta página fornece algumas orientações sobre a configuração de várias tabelas de roteamento para aproveitar várias conexões com a Internet: Guia para a administração de redes na camada IP com Linux, seção 10.4
Observe que essa abordagem usa o endereço IP de origem para selecionar a conexão de saída. Isso ainda pode funcionar em um sistema de servidor único se você vincular os soquetes do servidor a interfaces específicas. Por exemplo, Apache para o IP de eth0 e bittorrent para o IP de eth1. Nem todos os servidores fornecerão os ganchos de configuração necessários para isso, mas muitos o farão - até mesmo o Minecraft! ;)