O impacto depende muito de muitos fatores:
- Tecnologia usada: SCSI vs IDE; ambos nativos e virtualizados
- Software usado: versão do VMWare, versão do Windows, drivers, etc.
- Possíveis complicações como antivírus na verificação do Windows de contêineres VMware, etc.
- Padrões de carga de trabalho: acesso sequencial vs aleatório, etc.
- Caching envolvido: caches do Windows e pré-busca de algumas leituras de arquivos, como isso afeta o VMWare depende do que mais está sendo executado no host do Windows.
Resumindo: ninguém vai dizer como isso afetará suas cargas de trabalho, a única maneira de descobrir é testar os dois cenários.
Além disso, fazer acesso direto ao disco no VMWare é menos seguro, menos portátil e menos conveniente. Por exemplo. não é possível migrar facilmente para outro host, não é possível redimensionar discos sem alterar as partições e há possíveis implicações de segurança (leia documentos do VMWare).
Então, minha sugestão é ir com o contêiner de disco virtual primeiro. Se você achar o desempenho do disco inaceitável, explore a opção de acesso direto ao disco.