A resposta específica para a sua pergunta é não. O descompactador que vem com o OS X não tem como alterar diretórios no zip na hora. Uma coisa a notar, no entanto, é que o zip não está "criando o diretório". Faz parte do arquivo. Um arquivo zip criado corretamente não terá esse problema se você estiver controlando o processo de criação:
$ ls -l
total 0
-rw-r--r-- 1 bsmith staff 0 Sep 30 22:01 b
-rw-r--r-- 1 bsmith staff 0 Sep 30 22:01 c
$ zip -r a.zip .
adding: b (stored 0%)
adding: c (stored 0%)
$ cd ../b
$ unzip ../a/a.zip
Archive: ../a/a.zip
extracting: b
extracting: c
$ ls -l
total 0
-rw-r--r--@ 1 bsmith staff 0 Sep 30 22:01 b
-rw-r--r--@ 1 bsmith staff 0 Sep 30 22:01 c