Descobri que, se você ativar o plug-in Libnotify Popups (pidgin-libnotify) em Ferramentas- > Plug-ins, esse problema será resolvido. Você pode definir seu status através do menu da bandeja do sistema e também pode fechar a janela Lista de Amigos do Pidgin e ela permanecerá em execução. Se você não quiser notificações, você também pode configurar este plugin no menu Plugins.