A primeira coisa a verificar é se você está no diretório correto. ./configure significa "Localizar o arquivo executável denominado configure no diretório de trabalho atual e executá-lo". Ie. você precisa estar no diretório correto ao emitir o comando. O comando configure também não é um executável de todo o sistema, mas sim um script específico para o programa que você está tentando compilar.
Indo para o diretório raiz da referida árvore de software e dizendo "ls" deve listar seus arquivos lá e mostrar o script de configuração, se existir.