Eu não entendo em que /usr/local
você está falando. O MacPorts usa intencionalmente sua própria /opt
hierarchy para evitar conflitos com qualquer coisa que você já tenha em /usr/local
. Ele não deveria estar colocando nada em /usr/local
a menos que você alterasse sua configuração.
Você estava pensando em Homebrew? Acredito que o Homebrew ainda coloque as coisas em /usr/local
por padrão, enquanto o MacPorts usa /opt
e o Fink usa /sw
.
Então, eu acho que minha "melhor maneira de evitar esse conflito" é usar o MacPorts em vez do Homebrew, e deixar o MacPorts definido para o prefixo padrão de /opt
.