Eu não entendo em que /usr/local você está falando. O MacPorts usa intencionalmente sua própria /opt hierarchy para evitar conflitos com qualquer coisa que você já tenha em /usr/local . Ele não deveria estar colocando nada em /usr/local a menos que você alterasse sua configuração.
Você estava pensando em Homebrew? Acredito que o Homebrew ainda coloque as coisas em /usr/local por padrão, enquanto o MacPorts usa /opt e o Fink usa /sw .
Então, eu acho que minha "melhor maneira de evitar esse conflito" é usar o MacPorts em vez do Homebrew, e deixar o MacPorts definido para o prefixo padrão de /opt .