Com o POP3, o Outlook excluirá o e-mail do servidor após o download, portanto, se o servidor de e-mail tiver espaço limitado, o POP3 impedirá o preenchimento da caixa de correio.
Outra razão é que, se você tem várias contas de e-mail, o POP3 permite que você veja todos os e-mails em uma caixa de entrada, em vez de precisar verificar vários deles. Esta é a principal razão pela qual eu uso o POP3, pois tenho 8 contas de e-mail.
Existem também razões para escolher, ou não escolher, o POP3 dependente de como uma empresa funciona. Como o POP3 faz o download completo de todos os e-mails para o computador, eles sempre terão uma cópia, mesmo se a conta for excluída. Eu trabalho em uma empresa imobiliária onde os agentes precisam salvar uma cópia de seu e-mail, mesmo se eles mudarem para uma empresa diferente (por razões legais e de marketing). Se eles usassem o IMAP, poderiam perder todo o email. OTOH, na maioria dos ambientes da empresa, isso poderia ser um risco para que eles usassem o IMAP.
Por fim, no Outlook 2007 e em versões anteriores, o IMAP só faz o download de cabeçalhos por padrão, enquanto o POP3 tem tudo local, portanto, procurar e-mails é mais rápido e, com várias contas, muito mais fácil.